Diferença chave: Quem é, na verdade, uma contração de “quem é”. Basicamente, quem é encurtado para quem é. De quem, por outro lado, é o possessivo de "quem". Segue a regra semelhante à dele, dela e deles.
Uma das regras gerais em inglês afirma que adicionar um apóstrofo (s) a algo marca o possessivo, por exemplo, o livro de Maria ou o partido de João, ambos inferem possessividade, isto é, o livro pertence a Maria e que o partido é sendo hospedado por John. Seguir esta regra pode levar alguém a pensar que "quem é" é o possessivo de quem. No entanto, esse não é o caso.
Quem é, na verdade, uma contração de "quem é". Basicamente, quem é encurtado para quem é. Ele reflete os padrões de fala dos falantes nativos, já que eles raramente enunciam quem e é separadamente, o que se mescla com quem é.