Diferença chave: o Windows Mobile é uma família de sistemas operacionais em smartphones e pocket PCs. O Windows Mobile foi descontinuado pela empresa, com a versão final do Windows Mobile sendo 6.5.5. O Windows CE é um sistema operacional em tempo real para sistemas embarcados da Microsoft. Também é conhecido como Windows Embedded Compact, Windows Embedded CE ou WinCE.

O Windows Mobile e o Windows CE são dois tipos diferentes de sistemas operacionais para dispositivos diferentes. O Windows Mobile é uma família de sistemas operacionais para telefones móveis, enquanto o Windows CE é uma família de sistemas operacionais para sistemas embarcados.

O Windows Mobile é uma família de sistemas operacionais em smartphones e pocket PCs. O Windows Mobile é o antecessor do Windows Phone, que é a mais recente série de sistemas operacionais para smartphones. O Windows Mobile foi descontinuado pela empresa, com a versão final do Windows Mobile sendo 6.5.5. O Windows tornou-se popular principalmente em PCs de bolso, o que permitia que os empresários mantivessem seus compromissos diários, adicionassem consultas, acessassem a internet e até mesmo permitissem que os usuários fizessem chamadas telefônicas. O Windows Mobile foi baseado no kernel do Windows CE e foi introduzido como o sistema operacional do Pocket PC 2000. O sistema foi projetado para se parecer com a versão desktop do PC, tornando-o mais familiar para as pessoas. O Windows Mobile oferecia aplicativos de software do Windows Marketplace.

O Windows Mobile tinha muitos recursos, como: multitarefa, capacidade de navegar em um sistema de arquivos, Internet Explorer Mobile, Windows Media Player, Microsoft Office Mobile, Outlook Mobile e Compartilhamento de Conexão com a Internet. O dispositivo vinha com recursos de caneta e tinha tecnologia de toque resistivo, que exigia uma caneta para entrada. Muitos dispositivos também facilitaram a navegação e a digitação com a introdução de teclados ou teclados deslizantes.

O Windows CE é um sistema operacional em tempo real para sistemas embarcados da Microsoft. Também é conhecido como Windows Embedded Compact, Windows Embedded CE ou WinCE. Esse sistema operacional é basicamente um shell que o Windows licencia para fabricantes de dispositivos, que adicionam seus próprios componentes, como interface do usuário, drivers de dispositivos, aplicativos e assim por diante. O CE se torna uma base na qual os clientes constroem seus próprios dispositivos e softwares. Um sistema embarcado é basicamente um sistema de computador que tem uma função dentro de um dispositivo mecânico ou elétrico maior. Estes sistemas podem ser alojados em uma única placa de microprocessador. Os sistemas embarcados são usados ​​em produtos eletrônicos de consumo, sistemas de transporte, equipamentos médicos, aplicativos de segurança, etc. A versão atual do Windows CE suporta plataformas como x86, MIPS, ARM e (SuperH até 6.0 R2). Esses sistemas operacionais são projetados para dispositivos com quantidade limitada de armazenamento. Os dispositivos podem até ser configurados sem armazenamento em disco como um sistema "fechado".

O uso do CE requer ferramentas de desenvolvimento como: Platform Builder, Free Pascal e Lazarus, Visual Studio, Visual C ++ Integrado, CodeGear Delphi Prism, AutoHotkey, LabView, Basic4ppc, CodeGear Delphi Prism e GLBasic. O lançamento mais recente da empresa foi o Windows CE 7.0 e foi lançado em março de 2011. O Wikipedia lista as alterações na versão mais recente como: Suporta CPU Multi-core (SMP), Sistema de Posicionamento Wi-Fi, suporte a Bluetooth 3.0 + HS, DLNA (Digital Living Network Alliance), tecnologia DRM, protocolo de transferência de mídia, Windows Phone 7 IE com suporte a Flash 10.1, suporte NDIS 6.1, API UX C ++ XAML usando tecnologias como Windows Presentation Foundation e Silverlight para interfaces de usuário atrativas e funcionais, gráficos modernizados baseados em OpenGL ES 2.0, toque avançado e entrada de gestos, suporte a Kernel para 3 GB de RAM física e suporte a montagem ARMv7.

	Microsoft Mobile	Windows CE
Empresa / Desenvolvedor	Microsoft	Microsoft
Programado em	C ++	C
Família OS	janelas	Windows CE
lançamento inicial	19 de abril de 2000	16 de novembro de 1996
Plataformas Suportadas	x86	x86, MIPS, ARM, (SuperH até 6.0 R2)
Licença	Proprietário (Microsoft EULA)	MS-EULA
Interface de usuário padrão	Gráfico	A Microsoft licencia o software para OEMs, que estão livres para criar suas próprias interfaces de usuário.
Estado de trabalho	Descontinuado (substituído pelo Windows Phone)	Atual
Modelo de origem	Software Licenciado	Software licenciado de código fechado
Atualizações	Atualizações são feitas apenas pela Microsoft.	Atualizações são feitas apenas pela Microsoft.
Aplicações	As aplicações são criadas por empresas vinculadas e pela Microsoft.	Não requer aplicativos.
Estilo de toque	Os telefones mais modernos, mas novos, oferecem tecnologia capacitiva.	Toque avançado e entrada de gestos.
Oferece suporte nativo para	Correio, Exchange, Contatos do Outlook, Calendário, etc.	-
Número de aplicações	Número limitado de aplicativos.	-
Suporte de linguas	Suporte limitado a idiomas	Multilíngue