Diferença chave: Não significa que não, bem, para ser exato, é uma resposta negativa a algo, indicando que a pessoa não quer fazer o que a pessoa está indicando. Nunca 'indica algo que nunca acontecerá, enquanto' não 'indica que algo não acontecerá no momento, mas pode acontecer no futuro.

Ambas as palavras têm algo a ver com uma resposta negativa a algo ou a alguém, no entanto, a implicação que as duas palavras têm é bem diferente.
Não significa que não, bem, para ser exato, é uma resposta negativa a algo, indicando que a pessoa não quer fazer o que a pessoa está indicando. Por exemplo: “Você quer ir à festa?” “Não.” O não indica que a pessoa não quer ir à festa. Neste caso, não seria o mesmo que "eu não quero ir à festa".